В бою, при использовании техник, расходуется чакра. Количество нин-чакры, ген-чакры и тай-чакры зависит от персонажа. Запас остальных типов чакры в начале боя - 3 единицы. Во время хода чакру можно накапливать, но только при условии, что руки персонажа не заняты.

Типы чакры:

Нин-чакра - расходуется при использовании ниндзюцу. За каждую технику -1 единица.
Ген-чакра - расходуется при использовании гендзюцу. За каждую технику -1 единица.
Тай-чакра - расходуется при использовании тайдзюцу. За каждую технику -1 единица.

КеккейГенкай-чакра - расходуется при использовании Кеккей Генкай техник. За каждую технику -1 единица.
Рюги-чакра - расходуется при использовании техник какого-либо режима боя (Режим Мудреца и т.п.). За каждый ход в этом режиме -1 единица. Активировать режим можно 1 раз за сражение.
До-чакра - расходуется при использовании техник додзюцу. За каждую технику -1 единица.
Кучиёси-чакра - расходуется при техниках призыва. За каждую технику -1 единица
Джу-чакра - расходуется при техниках проклятий. За каждую технику -1 единица.
Ирьё-чакра - расходуется при техниках медиков. За каждую технику -1 единица.